Қазіргі кезде балқарлардың көпшілігі мұсылмандық сенімді, ханафи мазхабын және сунниттерді ұстанады. Балқарлардың исламды қабылдауы орта ғасырларда болды. Ғалымдардың зерттеулері бойынша балқарлар арасында ислам дінін қабылдаудың себебі 17 ғасырда Қырым татарлары мен ноғайлардың Солтүстік Кавказға қоныс аударуы болды.

Басқа түркі халықтары сияқты, ежелгі уақытта балқарлар мен қарашайлықтардың ата-бабалары шаманизмге, тәңірлікке, христиандыққа, т.б. тәңіршілдік балқарлар арасында ежелден болған деген көптеген дәлелдер бар.